En el Mundo de los Muertos, los altos cargos portan armas llamadas "Guadañas Mortales". Éstas se consiguen cuando el alma de una Guadaña (creada por un Técnico especialista) consigue comerse 99 almas humanas y 1 alma de bruja. Pero la vida no siempre es fácil, ni para Técnicos ni para Guadañas, y puede costar trabajo llegar a ser una "Guadaña Mortal".
La historia se centra en 3 grupos de sudiantes de la escela de preparacion para Tecnicos y Armas: Shibusen.
Maka y su arma Soul Eater, Black Star y su arma Tsubaki y Death The Kid y sus armas gemelas: Patty y Liz, en su camino por convertir a sus armas en "Guadañas Mortales
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